El paciente se recuesta en una mesa estrecha que se desliza hacia el centro del tomógrafo. Mientras está dentro del escáner, el haz de rayos X de la máquina rota a su alrededor y una computadora crea imágenes separadas de la cabeza llamadas cortes. Se le solicita al paciente que permanezca quieto durante el examen, ya que el movimiento ocasiona imágenes borrosas, así mismo se le puede solicitar que contenga la respiración por períodos breves.